اگر گمان رود که کیستی سرطانی است، کیست با جراحی یا بیوپسی برداشته میشود. در برخی موارد خاص، مایع بیرون کشیدهشده از کیست زیر میکروسکوپ آزمایش میشود تا تشخیص داده شود که سلول سرطانی در آن وجود دارد یا خیر.
اگر کیست بعنوان بخشی از یک مشکل جسمی مزمن ایجاد شود (مثلا در سندرم تخمدان پلیکیستی یا بیماری سینه فیبروکیستی)، درمان کیست متعاقب درمان بیماری انجام خواهد گرفت.